Währenddessen bei Samus:

Samus verlässt das Einkaufszentrum und erreicht weitere Ruinen. Eine dieser Ruinen scheint eine Art Bibliothek zu sein. Man erkennt Rückstände von Bücherregalen aus Metall und in den Regalen liegen Glasscherben sowie, zerschlagene elektronische Geräte.
Samus scannt die Scherben und stellt fest, dass es sich hierbei um Scherben von elektronischen Büchern der Föderation handelt.
‚Warum sind diese Bücher zerstört worden aber so viel andere Sachen nicht? ‘ fragt sich Samus und versucht die Bücher irgendwie zu rekonstruieren. Sie scannt alle möglichen Überreste aber dem Scan-Visor gelingt es nicht, den Inhalt wiederherzustellen. Samus schaut hinter sich, unter sich und dann über sich und stellt fest, dass die Decke nicht zerstört wurde, während sich unter und neben ihr aber anscheinend eine Explosion ereignet hat.

‚Fast als hätte jemand durch Zerstörung versucht, etwas zu vertuschen, aber von innen heraus‘ denkt Samus und schaut sich weiter um. Diese Art der Zerstörung zieht sich durch die gesamte Bibliothek. Sie hat unterschiedlichste Proben genommen und verlässt nun wieder die Bibliothek.

Danach läuft sie weiter durch die verlassene Stadt und erreicht bald eine Fabrik, welche auch mit dem Logo der Föderation versehen ist. Sie betritt die Fabrik, überall wuchern auch hier Pflanzen und Samus scannt und scannt, aber ihr Visor erkennt gar keine der Pflanzen. Sie schaut sich in der Fabrik um. Überall stehen riesige Maschinen und es laufen überall Rohre lang. Sowohl oben als auch unten.
‚Was hier wohl produziert wurde? ‘ Samus schaut sich weiter um und plötzlich sieht sie eine leuchtende Substanz in einem großen Kessel.

Mit dem Spider Ball rollt Samus die Wand hinauf und erreicht eine Rampe. Sie will in Erfahrung bringen, was dort in dem Kessel lagert. Als sie die Substanz scannen will und anvisiert wird sie weggestoßen und ihr Fusion Suit fällt auf einmal aus.