Die Welt war vor vier Jahren Schauplatz einer Alieninvasion, durch die "Neighbors". Viele Menschen mussten ihr Leben lassen und alles schien verloren. Doch dann tauchte eine Gruppe namens "Border" Welten-Grenzschutzrtuppe auf und bekämpfen sie mit ihrer Technologie, den "Triggern". In Mikado City hat sich Border ein Hauptquartier aufgebaut. Makoto Asahina ist ein Schüler der Mikado City Oberschule und insgeheim ein B-Klasse Agent bei Border. Erlebt, wie er sich bis an die Spitze zu kämpfen versucht und auf die altbekannten Personen, wie Osamu Mikumo, Yūma Kuga, Chika Amatori und Yūichi Jin trifft!