Die Geschichte spielt in der Welt des Animes und setzt ansich nicht am Ende der Serie an sondern erzeht eine neue Geschichte. Anonyne-Death erschuf einen Virus der jeden Böse macht. Als fersehntlich Neptune anstadt Noire befallen wird ferwandelt sie sich in Neptunia die Böse Königin von Game Industrie. Nur die macht der CPUs und ihrer Schwestern konnte sie besiegen und ihr semmtliche macht als CPU Rauben und das Virus löschen. Dabei landet sie bei Arfoire die eine Oberginen (Waren doch Oberginen oder?) Farm führt. Da sie keine intresse mehr am Böse sein hat hilft sie Neptune die von Schuldgefühlen zerfressen ist. 2 Jahre später wird Aroire von Anonyme-Deaths Bruder Anonyme-Kill entführt. Nun muss Neptune sich aufmachen Arfoire die für sie wie eine Mutter ist zu befreien und erneut Game Indusrie vor einem neuem übel zu retten.

In den vier Orten der Gameindustri  Laststation,Lowee,Leanbox und Planeptune geht das Gerücht um das der Phantomritter wieder da ist ein geheimnisvoller Held,der die Leute vor Monstern beschützt, bislang bleibt seine Identität geheim, Neptune und ihre Freunde wollen endlich seine Identität lüften und machen sich auf die Suche nach ihm, doch sie sind nicht die einzigen die auf der Suche nach ihm sind, den ein neuer Feind namens Dark taucht auf und will ihn tot sehen,doch das ist nicht das einzige,denn Noire alias Black Heart verliebt sich in ihn.Paaring: Noire(Black Heart) x OC